25.10.1654. Fray Bernardo de Ávila, de la Orden Hospitalaria, en la Plaza de Melilla.
8.11.1655. Diego de Arce es nombrado Gobernador interino cesando el 29.08.1656.
1.09.1656. Luis de Velázquez y Angulo, es nombrado Gobernador. Se comienzan las obras de la Iglesia de la Purísima Concepción.
El Libro 2º de Defunciones, empieza en 1658 con el enterramiento de Rafael Carrión, natural de Mallorca, «Que trujeron (sic) en una fragata de Ceuta, que se mató en ella con una carabina».
Enero 1658. A mediados de ese mes hubo un gran temporal, como a veces ocurre en Melilla, quedando destruidas 68 casas y algunas dependencias militares. El Rey Felipe IV había escrito a su embajador en Roma para que alcanzase del Papa, la Bula pertinente para conseguir que fuesen enviados los Capuchinos al Peñón de Vélez, y a Melilla. Se decía, como vivían en Congo, Guinea, y Puerto de San Miguel de la Mahamora, donde trabajaban con gran acierto, y donde participaron hasta el último momento en la defensa de la citada Plaza española.
Esta fundación no fue posible, porque el Padre Provincial de los Capuchinos contestaba a Blasco de Loyola, que comprendía la voluntad real, pero que no tenía religiosos suficientes para enviar a estos presidios. Recibida esta contestación, el Rey se muestra tajante, y contesta al citado Provincial en los siguientes términos:
«Reverendo y devoto P. Fray Leandro de Antequera, Provincial de los Capuchinos de Andalucía; He visto lo que respondeis a D. Blasco de Loyola a lo que mi orden os escribió cerca de los religiosos que han de pasar a las Plazas de Melilla y Peñón, y aunque representáis la dificultad que se os ofrece en la ejecución, por haber muy poco número en esa provincia, y otras razones que ponéis en consideración todavía por ser preciso al servicio de Nuestro Señor y mío, se ponga en aquéllas Plazas lo que tengo resuelto, porque no hay en ellas quien administre los sacramentos, OS VUELVO A MANDAR DE NUEVO, que luego que recibáis este despacho nombréis tres sacerdotes para la Vicaría y Curato de Melilla, y un religioso Lego que les asista, y otros dos sacerdotes para la Vicaría y Curato del Peñón de Vélez, y un religioso Lego que les asista, procurando encaminar sea nombrado Fray Alejandro de Granada, y los demás que les pareciere son a propósito para ellos, y si esto no fuera posible elegiréis los que juzgárais ser más convenientes para aquéllos presidios. Enviaréis los nombres señalando los que han de ser Vicarios y Curas, y para como tengo mandado se les de disposición para que puedan confesar, el Obispo de Málaga los nombramientos de Vicarios y Curas y también se den los demás despachos que han de llevar, y tendréis entendido que estos religiosos han de estar sometidos a vuestra obediencia, y del que os sucediere en vuestro Oficio, y que muriendo alguno y habiendo sacarle de dichos presidios. Vos o los que os sucedieren en el cargo lo habéis de poder hacer enviando otro en su lugar de forma que el número esté siempre entero. Dado en Madrid a veinte de agosto de Mil seiscientos cincuenta y ocho. Yo el Rey».
Una vez recibida la Orden Real, el Provincial de la Bética dispuso fueran enviados a Melilla Fray Basilio de Antequera, como Vicario, y Fray Félix de Génova, y Fray Fulgencio de Estepa, como curas siendo asistidos por el Hermano Lego, Fray Hilarión de Écija.
Llegan a Melilla en 1659, «en una embarcación segura» que el mismo Rey había mandado preparar, y tomando posesión oficial el 9.01.1660.
También: «…Manda el Rey que se compre la casa del Pagador D. Manuel de Perea, para que haya amplio templo y los religiosos dignamente instalados».
Con fecha 14.02.1660, dispone: «Os mando que como tenéis dispuesto vayáis socorriendo a los de Melilla con doscientos reales, y a los del Peñón de Vélez con ciento cincuenta reales cada mes por razón de su sueldo,… dispondréis con los Alcaides les deis las raciones y lo demás que les toca por razón de Curas y Vicarios con toda puntualidad.»
Manda de nuevo el Rey que la casa que pertenecía a la Corona se ceda a la Iglesia: «… para que no corrompan los aires».
Con todas las disposiciones se comenzó la obra de la Iglesia y el Conventico Capuchino, mandando Fray Basilio de Antequera el día 4.10.1663, se diera el título de Concepción a la nueva Iglesia, y siendo nombrado ese mismo día Patrono Principal al Seráfico Padre San Francisco de Asís.
